從 FFPE 組織中手動或自動萃取 RNA、DNA 或總核酸

由於組織製備的特殊性，從福馬林固定石蠟包埋（FFPE） 組織中萃取核酸具有挑戰性。FormaPure XL 試劑組是專為適用於次世代定序 （NGS） 和其他下游應用（包括 qPCR）的試劑組。最大程度上保證從 FFPE 樣本中獲得產物的完整性、高產量和純度，以盡量減少遺失重要遺傳訊息的風險。

• 專為 FFPE 樣本設計，穩定萃取用於 次世代定序（NGS）的 RNA 和/或 DNA
• 被證明的系統，適用於 10 µm 至 70 µm樣品上
• 更高的核酸完整性以支援更靈敏的 qPCR 和 NGS 應用 *

次世代定序（NGS）的技術表現始於 RNA 完整性

片段分析表明，FormaPure XL試劑組萃取的 RNA 比管柱萃取法試劑組從同一塊組織中萃取的 RNA 獲取 DV200 分數百分比更高。更高的 DV200 百分比可產生更好的次世代定序（NGS）的技術表現。

圖 1和圖 2：FormaPure XL Total 試劑組和  FormaPure XL RNA 試劑組萃取 RNA 的完整性高於管柱萃取法的試劑組。利用 Agilent RNA ScreenTape 評估所萃取出來的 RNA。採用 FormaPure XL RNA試劑組（藍色曲線）和管柱萃取法的備用試劑組（橙色曲線）從四個不同的 FFPE 樣品中萃取 RNA。利用  7 個 10μm 組織樣本提取乳房和腸道中的 RNA。DV200 值從每個電泳圖獲得。DV200 值代表的是大於200bp 的 RNA 所佔比例。

圖 3：根據 Agilent RNA ScreenTape 上所評估的結果顯示，FormaPure XL Total 試劑組和 FormaPure XL RNA 試劑組萃取的 RNA與管柱萃取法的試劑組和超聲裂解試劑組具有同等甚至更高的完整性。分別從 1 塊 10 μm 的乳房、腸道、前列腺和肺組織切片中萃取。DV200 值的平均百分比表示為三個重複的實驗結果，Error bar 代表三個重複的標準差。

核酸產量由以下變量決定：
組織類型；組織大小；腫瘤類型；固定方法；石蠟包埋方法；試劑；儲存條件；組織投入量；萃取試劑組；組織塊的保存時間。

圖 4：使用  FormaPure XL Total 試劑組和管柱萃取法的試劑組從 5 種不同 FFPE 組織樣本中萃取 RNA 和 DNA。所有萃取分別使用 7 塊 10 μm 切片。上面是三個重複的平均產量。使用 Quant-it 試劑組（Thermo Fisher ）測定核酸產量。

FormaPure XL 試劑組允許用戶從所需數量的切片中萃取核酸。並不是每個實驗室都會使用相同數量的組織進行萃取。FormaPure XL 試劑組允許用戶根據自定義從或多或少的組織中萃取核酸。

表 1：從 FFPE 乳腺組織中萃取 RNA 和 DNA。投入使用的切片數量越來越多。核酸產量隨著切片數量的增加而增加，但從 7 塊 10 μm切片中萃取的 DNA 除外（由於切片內組織含量的變化）。

工作流程圖

1. FFPE 組織脫蠟
2. 裂解 FFPE 組織和解聯 RNA
3. 轉移一半裂解物用於 RNA 工作流程
4. 將 RNA 與磁珠結合
5. 將磁珠與雜質分離s
6. 用 80% 乙醇清洗磁珠，去除雜質
7. 使用 DNase I 處理樣品
8. 用 RBA 將 RNA 重新結合到磁珠中
9. 將磁珠與雜質分離s
10. 用 70% 乙醇清洗磁珠，去除雜質
11. 從磁珠中洗脫 RNA
12. 處理 DNA 工作流程中剩餘裂解物
13. 解聯 DNA
14. 轉移 DNA 工作流程中剩餘裂解物
15. 使用 RNase A 處理樣品
16. 將 DNA 與磁珠結合
17. 將磁珠與雜質分離
18. 用 80% 乙醇清洗磁珠，去除雜質
19. 從磁珠中洗脫 DNA
20. 將洗脫的 RNA 和 DNA 轉移到新的孔盤

自動化耗時 vs. 手動操作耗時

FormaPure XL Total、RNA 和 DNA 試劑組是一套靈活的核酸萃取試劑產品，適用於手動操作或自動化工作流程。

• 根據實驗通量可進行擴充
• 使用免編方法快速轉換
• 提供對試劑、自動化設備和方法專業的技術支援

表 2：預估執行 8、24、48 和 96 孔盤 FormaPure XL Total、RNA 或 DNA 核酸萃取試劑組工作所需的動手時間和總時間（以小時計數）。這些方法可以手動或在液體處理系統上自動執行。此表中顯示的數據以 Biomek i7 Hybrid 自動化工作站完成。指出了手動和自動化之間的時間差異。（ NR 指 “不推薦”）

用於從 FFPE 組織進行 RNA、DNA 和總核酸萃取的 FormaPure XL 系列試劑組

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